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南非新冠病毒发生16个突变,大部分为首次发现的独特变异

olivia chan

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在《自然·医学》杂志周二发表的一篇论文中,研究人员说,他们对1,365个近全基因组的分析表明,第一波大流行期间,三个病毒谱系(B.1.1.54,B.1.1.56和C.1)在南非广泛传播,感染全国大约42%的病例。

新发现的SARS-CoV-2的C系与新冠病毒原始序列相比发生了16个突变,包括刺突蛋白上的一个氨基酸变化。这些变种中的大部分,都具有此前其他地方未曾发现的独特变异。研究人员说,到2020年8月底,这一谱系在南非的分布范围是最广泛的,而在夸祖鲁-纳塔尔省的医院疫情得到控制后,一种被称为B.1.106的早期南非特有病毒谱系灭绝了。

作者写道:“我们的研究结果表明,基因组监测可以在非洲大规模实施,以便识别新的病毒谱系,并为控制SARS-CoV-2传播提供信息。”

这项研究中提出的这种基因组监测在501Y.V2变种的鉴定中已被证明是至关重要的。501Y.V2突变株于去年10月中旬首次在南非发现,2020年11月初起成为当地流行的主要毒株。

研究人员表示,根据拟议的SARS-CoV-2谱系动态命名法,这项研究中的南非病毒基因组被划分为42个不同的谱系。这包括16个南非特有的新变种,定义为截至2020年9月15日在南非占主导地位的毒株。研究人员重点研究了三个最大的单系谱系群(C.1、B.1.1.54和B.1.1.56),它们在封锁期间在南非传播,然后在该国流行病感染高峰期发展成大型传播群。

研究人员还分析了三个主要的谱系集群的序列,以确定它们的谱系定义突变。他们发现,平均而言,C.1基因簇的序列积累了大约16个突变,而B.1.1.56和B.1.1.54相对于原始谱系大约有13到14个突变。截至8月26日,这也高于其他序列中的突变数量。

译/前瞻经济学人APP资讯组

参考资料:https://www.genomeweb.com/


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