水稻重要农艺基因的广泛等位变异，是水稻育种的基础。近日，上海师范大学黄学辉团队在Nature Genetics上发表的一项研究，构建了迄今为止最完善的水稻数量性状基因关键变异（causative variation）图谱，开发了一款智能化的水稻育种导航程序。
据悉，研究基于8个全基因组关联研究队列（QTNs），绘制了水稻数量性状核苷酸(QTNs)图谱，并推断了QTN效应。
群体遗传分析表明，驯化、局部适应和杂种优势均与QTN等位基因频率的变化有关。摘要建立了基因组导航系统RiceNavi，用于QTN金字塔构建和育种路线优化，并应用于一个广泛栽培的籼稻品种的改良。
这项工作提供了一个有效的平台，在不断增长的水稻基因组知识和多样化的改良需求之间架起桥梁。
研究人员最终开发出了针对普通用户的RiceNavi网站平台和针对服务器用户的离线版RiceNavi软件包，配备了三大功能。首先，它可以提供用户待改良品种的全部QTN基因型，并展示实体库中具有互补等位的种质材料。它还能根据用户需要导入的基因位点（1-4个）给出最优育种路线。而且，育种过程每一代根据中间群体的基因型，可以挑出最有潜力的若干后代材料。
它为水稻遗传研究提供了全面的数量性状基因信息，建立了水稻分子设计育种新方法，有望为水稻新品种的快速培育提供技术支持。
上述研究成果近日发表在Nature Genetics上，题为“A quantitative genomics map of rice provides genetic insights and guides breeding”。
译/前瞻经济学人APP资讯组
参考资料：https://www.nature.com/articles/s41588-020-00769-9
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