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显著提升完整度和准确度!湖北农科院发表高质量栽培草莓基因组注释

Evelyn Zhang

人工栽培草莓(F. ananassa)是一种重要的水果作物,其果实深受世界各国人民的喜爱。

该物种是一种异源多倍体(Fragaria×ananassa,8n=56),基因组复杂,杂合度高。其基因组最近被测序,为栽培草莓和蔷薇科近缘种提供了关键的参考基因组。

湖北农科院发表高质量栽培草莓基因组注释

近日,湖北省农科院以“Reannotation of the cultivated strawberry genome and establishment of a strawberry genome database”为题,在《园艺研究》(Horticulture Research)上发表了他们的最新研究成果。

草莓

目前对人工栽培草莓基因组的注释,主要依赖于从头预测,在较小程度上依赖于转录组数据。

在他们的研究中,湖北农科院的研究人员们基于一个PacBio全长RNA文库和92个Illumina RNA测序文库,基于这两大技术,对F. ananassa基因组进行了结构和功能重新注释。他们对栽培草莓的基因组进行重注释,显著地提升了栽培草莓基因组注释的完整度和准确度,获得栽培草莓基因组注释新版本v1.0.a2。

这一改进的人工栽培草莓(F. ananassa)基因组注释共包含108447个基因模型,其中BUSCOs完整度为97.85%。19174个基因的模型被修改,360个新基因被鉴定,11044个基因被发现具有交替剪接的亚型。

此外,研究人员们构建了一个草莓基因组数据库(SGD),用于草莓基因同源性的搜索和注释下载。

最后,他们对4个发育阶段的人工栽培草莓(F. ananassa)花贮和瘦果的转录组进行了重新分析和鉴定,并给出了该注释中所有基因的表达谱。

该研究为蔷薇科草莓的基因组分析和基因功能研究提供了基础。

编译/前瞻经济学人APP资讯组

论文链接:https://www.nature.com/articles/s41438-021-00476-4


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